Οι επιτυχίες των Ρώσων στον ρωσοτουρκικό πόλεμο οδηγούν στην υπογραφή νέου Πρωτοκόλλου στο Λονδίνο στις 22 Μαρτίου 1829, το οποίο καθορίζει τα σύνορα του ελληνικού κράτους. Πιο συγκεκριμένα τα σύνορα είναι στην οροθετική γραμμή Αμβρακικού-Παγασητικού συμπεριλαμβάνοντας την Εύβοια, τις Σποράδες και τις Κυκλάδες. Το πρωτόκολλο προβλέπει επίσης την καταβολή φόρου υποτέλειας στον σουλτάνο, καθορίζει την αποζημίωση των Τούρκων, και θέτει ως πολίτευμα την κληρονομική μοναρχία υπό την επικυριαρχία όμως της Πύλης. Ο Καποδίστριας αρνήθηκε να δεχθεί τη συμφωνία αυτή, και με υπομνήματα εξέφρασε τις αντιθέσεις του. Ανάμεσα στις ενστάσεις του ήταν το ζήτημα της Κρήτης και της Σάμου, το ύψος της αποζημίωσης, καθώς και ότι η χώρα δεν είχε ενημερωθεί για την εκλογή μονάρχη.